Faxehallerne er en selvejende institution, som ledes af en bestyrelse bestående af syv medlemmer. Bestyrelsen har ansvaret for den overordnede drift og udvikling af faciliteter.

Bestyrelsen sammensættes således:

• En formand, der vælges direkte på valgmødet
• Fem brugerrepræsentanter, der vælges af brugerforeningerne
• En repræsentant udpeget af Faxehallernes medarbejdere
• Den daglige leder deltager som referent uden stemmeret